Sit første egentlige værk skrev Jeppe Ernst, der er vokset op i Kerteminde, efter et sommerhusbesøg i Rågeleje. To motorsave i arbejde på tilstødende matrikler inspirerede ham til Serenade (2008), en duet for de to maskiner, der kunne lyde som et skænderi mellem forelskede mennesker. Værket blev opført i Literaturhaus i København, hvor Ernst var flyttet til for at tage sin bachelor i musikpædagogik – en uddannelse, han færdiggjorde i 2010, umiddelbart inden han blev optaget som komponiststuderende.
Selv henviser Jeppe Ernst ofte til Lars von Trier som en inspirationskilde, ikke mindst med filmen Dogville (2003), hvor von Trier, ligesom Ernst, stiller fundamentale spørgsmål til den pågældende kunstarts mest grundlæggende kendetegn uden at forkaste traditionen. I von Triers tilfælde erstattes kulisser af hvide optegninger på et sort scenegulv, mens Ernst i flere tilfælde har opereret med et dogme om at fjerne en af musikkens bærende piller: lyd.
Jeppe Ernsts musik skiller sig oftest ud fra mængden. I flere værker arbejder han med et princip om kreativ reduktion: et forsøg på at nå ind til et værks centrale idé ved at fjerne et eller flere af dets væsentligste bestanddele, fx den hørbare lyd. Det har foranlediget Ernst til at skrive flere værker rettet mod andre sanser end høresansen og i nogle tilfælde værker direkte adresseret til den enkelte publikummer uden en musikers mellemkomst. Derved antager hans musik også i høj grad en social karakter.
Følesansen er behandlet i det, Jeppe Ernst selv betegner som en berøringstetralogi, der består af Rekviem – Del I: Den fysiske behandling (2013), Messe for en menneskekrop (De sociale behandlinger) (2014), Messe for en menneskekrop (De private behandlinger) (2016) og Offertorium (2015-17). Ligesom Tom Kristensen beskrev sin svenske kollega Pär Lagerkvist som religiøs ateist, nærer Ernst en stor sympati for religiøse fællesskaber og deres ritualer, selvom han ikke selv er troende. I tetralogien fungerer de kristne ritualer som en arkitektur, han kan benytte som kompositorisk skelet i værkerne, hvor musikerne berører sig selv, hinanden eller publikum i indstuderede musikalske mønstre, og hvor de affødte lyde skal regnes for et biprodukt.
I en række etuder for ansigtsmuskulatur, indtil videre ni, sidder publikum – enten en enkelt ad gangen i et lille rum eller adskillige som normalt foran en scene – over for op til seks performere, der med click-track i øret bevæger øjenbryn, øjenlåg og læber, igen i nøje indstuderede mønstre. I Etude VI: Marsch, der sammen med etuderne V-VIII (2016) udgør den anden af Ernsts etudesamlinger, er det to performere, der optræder i et lille rum for en enkelt gæst. Sammen med performerne i Etude V: Kor og Etude VII: Doubble har de i alt seks performere mulighed for til slut at opføre Etude VIII: Klagesang på en scene, hvor de enkelte etuders kompositioner for ansigtsmuskulatur opføres simultant.
Jeppe Ernst har desuden, foruden også værker for traditionelle instrumenter såsom strygekvartetten Bøn (2014) skrevet til Arditti Kvartetten og orkesterværket Monument (2016) til DR SymfoniOrkestret, udgivet flere såkaldte musikbøger – ikke bøger i traditionel forstand, snarere partiturer for en læser, der dermed selv må forestille sig eller opføre det pågældende værk. Det gælder eksempelvis Dyrenes musik – Del I: Fuglenes variationer (2016), hvor læseren fører fingrene ned ad 32 ark med prikker som i punktskrift, hvormed melodiske og rytmiske figurer omskrives til følesansen, samt Preludes (2016) for læserens lydløse vejrtrækning og Skibene (2016) for forskellige rækkefølger af både forestillede og faktiske lugte såsom lugtene fra et dynebetræk, et rensningsanlæg og syv steder på en nøgen person.
