Emil Juel-Frederiksen begyndte sin karriere som sanger i Garnisons Kirkes kor og som koncert- og operasanger i provinsen og Norge. 1898 blev han organist i Kerteminde og 1901 ved Apostelkirken i København, hvor han fungerede til 1943. Sideløbende med organistembedet var han musiklærer ved Statens Lærerhøjskole og i perioder sanglærer på Frederiksborg Latinskole og Metropolitanskolen. En overgang var han desuden musikanmelder ved Aftenbladet.
Trods sine mange hverv var Emil Juel-Frederiksen en flittig og efterspurgt komponist i de lettere genrer. Nogle af hans sange blev tidligt indspillet på amerikanske pladeselskaber (f.eks. Det ved jeg lille Mor på Victor 1906, og Kærlighed fra Gud på Columbia 1920), og hans populære Lille Valmue kom i 37 oplag. Blandt hans salonmusik for klaver var især fantasierne over julesalmer udbredte og nogle af dem er endnu på repertoiret.
Læs mere om fantasierne her
Emil Juel-Frederiksen forsøgte sig også med større værker, f.eks. orkestersuiterne Stimmungen von Island und Färö og Tonbilder aus Skandinavien, og han komponerede musikken til Carit Etlars posthume skuespil Smuglerens Søn (Casino teatret 1913). Hans musik til en ballet Højt mod Nord blev aldrig opført.
(JBR)