Thomas Koppel var allerede fra sin tidlige barndom en del af et frugtbart musikalsk miljø, som søn af komponisten og pianisten Herman D. Koppel og med tre søskende, der som faderen og Thomas Koppel selv har sat sig varige aftryk i det danske musikliv. At det miljø som Thomas Koppel voksede op i har været frugtbart og udviklende for hans musikalske begavelse er åbenlyst. Allerede inden han var 20 år gammel fik hans opera Historien om en moder premiere på Det kongelige Teater, som 20-årig modtog han Carl Nielsen og Anne Marie Carl-Nielsens Legat, og han debuterede som pianist fra konservatoriets solistklasse som 23-årig i 1967. På det tidspunkt havde han allerede komponeret kammermusik, symfoniske værker og ovennævnte opera.
Bredden af Thomas Koppels musikalske virke skulle først for alvor vise sig, da han sammen med broderen Anders Koppel, søsteren Lone Koppel, sangerinden Annisette Hansen og en række af Danmarks mest kreative unge musikere fra jazz- og rockmiljøet dannede gruppen Savage Rose. Det var en gruppe, der ændrede dansk populærmusik, og som havde musikalske kvaliteter, der bragte den langt ud over landets grænser. Gruppens første album, der blot hed Savage Rose udkom i 1968, året efter Thomas Koppels debutkoncert.
I de næste mange år koncentrerede Thomas Koppel sig om Savage Rose, og arbejdet med gruppen inkluderede bl.a. den banebrydende musik til balletten Dødens Triumf. Flemming Flindt stod bag koreografien og bearbejdningen af Eugène Ionescos tekst, Vivi Flindt dansede et af hovedpartierne og sammen med Savage Roses musik skabte de ballethistorie og en kæmpe succes. Dødens Triumf gav Den Kongelige Ballet et folkeligt gennembrud og blev endnu et bevis på, at Savage Rose var en formidabel blanding af innovation, nysgerrighed og højt musikalsk niveau. I løbet af 1970’erne brugte Thomas Koppel og Annisette, der var blevet gift, mere og mere tid på deres politiske engagement på venstrefløjen. Savage Rose blev i højere grad deres fælles projekt og bl.a. Anders Koppel forlod gruppen i midten af 1970’erne. Thomas Koppels engagement og politiske kamp kunne høres i Savage Roses udgivelser, der i denne periode var dansksprogede, og som fik et betydeligt mere folkeligt præg. Koncertmæssigt var Savage Rose aktive også ved demonstrationer, strejker og protester både i Danmark og internationalt. I 1990’erne udgav Savage Rose igen albummer på engelsk og fik stor succes med bl.a. Black Angel i 1995.
I løbet af 1990’erne begyndte Thomas Koppel også for alvor at vende tilbage til den komponerede musik for klassiske ensembler.
Thomas Koppel og Annisette boede i Los Angeles fra midten af 1990’erne, og ved komponistens pludselige død i 2006 havde de netop bosat sig i Puerto Rico.